圣弗拉艾特东正教学院创建于1988年，是苏联时期俄罗斯开创的第一所独立的神学高等教育机构。
1990年学院作为神学系被纳入俄罗斯公开大学。
1992年分离出来成为独立的教育机构，并更名为莫斯科东正教基督教高等学校。
2002年正式更名为圣弗拉艾特东正教学院。
学院现下设有神学系、宗教学系、技能提高系，宣教与讲道教研室、神学与礼仪教研室、圣经与圣经研究教研室、教堂历史学科教研室、哲学与人文、自然科学教研室、宗教学教研室，函授部、科学教育法中心、神学著作出版中心等。
同时学校开设有本科相关专业，如神学、宗教学、东正教文化理论、东正教神学、人类宗教信仰、世界著名宗教历史、新教活动史、社会宗教学、真理寻找过…。