埃克塞特大学由6个大学院组成，分别是商学院、工程、数学与物物理学学院、人文学院、生命与环境科学院、社会科学与国际研究学院、医学院。
商学院设有会计学、经济、金融、领导力，和管理学5个院系。
工程、数学与物理科学学院设有包括计算机科学、工程学、数学等10个院系。
人文学院设有考古学、戏剧、现代语言学等10个院系。
生命与环境科学院设有生物科学、地理学等4个院系。
社会科学与国际研究学院设有阿拉伯与伊斯兰教研究、教育等5个院系。
艾克塞斯医学院于2013年开始招生，提供医学、临床医学、外科等专业的学士学位。
。